朱熹有四大弟子：蔡元定、黄幹、刘爚、真德秀。其中蔡元定是他最得意的弟子。

绍兴二十九年，蔡元定知道朱熹在崇安(今武夷山市)五夫讲学，就离开西山到五夫向朱熹问易，朱熹初次考询他的学识，见他谈吐非凡，即大为惊奇地说：“此吾老友也，不当在弟子之列。”从此朱蔡二人，政见一致，学术同趣，互为师友，终身相交相知，在学术研究上长达四十年，在四十年的交往中对闽学学派的形成，蔡元定，羽翼紫阳，竭尽股肱之力，有超越朱熹的地方总是坦诚相告，把自己的学术思想倾注于朱熹的书集中，所以蔡元定就成为朱熹学向中的重要讲论者，启发者、著述者和修订者。故有紫阳羽翼、闽学干城的美誉。

朱熹一生门生众多，彼时，许多读书人想拜师于朱门。凡四方来学者，均由蔡元定考询质正，方能入学。从而把好朱门学生的入学质量。

蔡元定在读书的过程中遇到疑难问题，总是向朱熹坦诚相告。凡古书盤错，学者读之不能以句，蔡元定总能爬梳剖析，细入秋毫莫不畅达。朱熹赞曰：“人读易书难，季通读难书易。”

乾道六年，蔡元定帮助朱熹在云谷山建“晦庵草堂”，自己在西山精舍内设“疑难堂”。为及时联络信息，在西山、云谷山上构筑灯塔，夜间悬灯相望，灯明表示学问正常，灯暗则表明学有难处，翌日往来论学解难。蔡元定每到朱熹处，朱熹必留他数日，两人对榻讲道，经常通宵达旦。

朱熹注释《四书》，编写《伊洛渊源》《诗集传》《近思录》《资治通鉴纲目》等书，书中都有蔡元定的独到见解。学生真德秀说：“西山先生所讲之处，往往是朱所未言之处。”蔡元定的《律吕新书》《八阵图说》等书是朱熹作序。学生翁易说：“朱熹注释《四书》中的《论语》《大学》《中庸》《孟子》和六经（诗、书、礼、易、乐、春、秋）都是和元定辩论之后受到启发而作的，这些书的讲论，西山公与朱文公则并驰其功。”朱熹也说：“吾与季通交游四十年在学术上无所不谈。”学生黄幹说：“干始受学晦庵，首试西山蔡公之门，从游者多矣！公之来先生必留他数日，往往通夕不寝。过公之家，得其言论不忍去，听者皆必有所得也，干之识公为最久，荷之教最深。”朱熹说：“造化微妙，惟深于理者能识之，吾与季通言未厌也。”

朱熹在其思想体系的发展中，不断与蔡元定研讨，促进其质的飞跃。如《中和之语》就是朱熹对《中庸》认识的一次顿悟。论已发未发之旨，以为“人自婴儿至老虽语默动静之不同，然大体莫非已发。元定不以为然，谓喜怒哀乐未发之时，要涵养一节功夫，惟程子敬而无失，则谓之中和。”第二年朱在《中和旧说序》中写道“乾道已丑之春，为友人季通言之，问辨之际，予忽疑……则复取程氏之书，虚心平气而得读之。未及数行，冻解冰释。”这就是说“中和之语”是与元定问辨时，受到启发的一次顿悟，所以朱熹特地把他与季通辩论的心得汇编成《翁季录》一书。庆元年间，权臣当道，恶人议已，指道为“伪”，屏其人挚其书，学者无所依尚，义利不明，人欲横流，廉耻日丧，蔡元定及时地给朱熹写论佛老书云：“大抵立教当以性与天道为先，自本而支，自源而流，使心有定见，则邪说莫能移。若只治其未而忘其本，学者未知本源，未必不惑于异端之说。”启发朱熹晚年教人原则。

中国传统思想虽然学派纷纭，但都源于对《易经》的推演。在《易经》的推演中，历来有义理易学和象数易学之分，蔡元定深刻研究二程、邵雍之学说，认为：“二程是重义理，轻象数。邵雍则重象数轻义理。”他的许多著作如《易学启蒙》《律吕新书》《皇极经世指要》《潜虚指要》《洪范解》等书，都反映了因数明理的观点。蔡元定的象数易学思想直接来自邵雍的学理，所以朱蔡二人在研究学术方面集二程、邵雍之大成，制定既重义理，又重象数的学术方针。如在《周易本义》成书后，为了校正二程易学偏于义理，弥补支离破碎。由蔡元定起草《易学启蒙》到论易，再由朱熹补充并润色。使此书明显带有象数易学的色彩。从”太极八卦图”能流传至今，并继续引起众多的中外学者的关注和兴趣这一点来说，蔡元定的功绩非浅。

蔡元定常侍朱熹左右，协助创建精舍，辩难解惑，教授生徒，成为朱熹的得力助手。乾道元年，蔡元定为朱熹母亲祝氏，择墓于建阳县崇泰里（今建阳区莒口镇）马伏天湖之阳，同时协助朱熹修筑“寒泉精舍”。乾道五年，蔡元定协助朱熹在云谷山上建“晦庵草堂”，“点灯相约为号，对榻论道讲学”。淳熙十年春，协助朱熹建“武夷精舍”，当年四月随朱熹讲学于武夷精舍。淳熙三年，朱熹夫人刘氏病故，蔡元定协助在建阳嘉禾里（黄坑镇）唐石之大林谷九顿峰下择墓安葬，后朱熹与妻合葬，接着又帮朱熹长子朱塾择墓于莒口社洲。绍熙三年，协助朱熹在考亭建“竹林精舍”后改“沧洲精舍”，为了能与朱熹就近讲学，蔡元定特地举家从麻沙迁居莒口后山，两地相近三十里有船方便往来问学解难。

庆元二年，权奸韩侂胄擅政，制造“伪学之祸”，指道学为“伪学”，把“四书”、“六经”定为禁书，诬丞相赵汝愚，使遭罢贬永州。当时许多大臣上奏要救赵丞相，都被列为“伪党”共五十九人，朱熹认为自己不应沉默，奋起草“上疏”数万言，以救丞相，众弟子劝朱子“为此必招祸”，朱不听；蔡元定再劝，朱黯然而将奏稿焚之，避免了更大的灾难，从中更可看出蔡元定与朱熹情谊深厚。

庆元二年秋，朱熹被定为“伪学魁首”去职罢祠，蔡元定被诬为“佐熹为妖”之罪，贬谪湖南道州，诏令急捕蔡元定，蔡元定未向家人告别就上路，当时有人劝他缓行，他说：“获罪于天，天可逃乎。”从建阳经考亭，朱熹率众弟子向蔡元定饯别，在场送行者，都伤感落泪，而蔡元定却泰然自若，谈论无异平常，赋诗云：“执手笑相别，毋为儿女悲。轻醇壮行色，扶摇动征衣。断不负所学，此心天可知。”朱熹见此情景，叹惜曰：“朋友相爱之情，季通不屈之志，可谓两得之矣。”在谈话中，朱熹提出著“参同契”的疑难问题，蔡元定解答如流，在场听者莫不钦佩，朱熹陪同蔡元定到马伏“寒泉精舍”，二人共同参订“参同契”通宵达旦，早餐后即启程向道州。在这寒风刺骨的冬天，年过花甲的他，在三子蔡沉和学生邱崇的陪伴下，步行三千里到达湖南道州（今道县）。他的不屈之志，不可夺之节，真是感人肺腑。

庆元四年，蔡元定在舂陵贬所病危，临终写信给朱熹云：“定辱先生不弃，四十年随遇未尝不在左右，数命不终，自到此地生徒虽众，因循岁月而已，殊无日新之益，所沾之疾，初是泄泻不止，继而热气上攻，微弱莫能远步，最后中虚暴下，百方治之无效，势必不久，唯以不见先生为恨，天下未必无人才，但师道不立为可忧……”书《别晦庵书》毕即逝世，是时庆元四年八月初九，寿六十四岁。

蔡元定去世后，朱熹复备牲酒到蔡元定墓前哭诉，相向长号说：“天可夺我季通之速呢？惟君学通古今，精诣之识，卓绝之才，不可屈之志，不可夺之节，有不可穷之辩，有继往开来之功，今不可复见之矣。使吾之痛若折左臂而失右手，不能运动呀。”朱熹对蔡元定的如此高度评价成千古佳话。

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